Рассмотрев вопрос, мы пришли к следующему выводу: 
Установленная судом кадастровая стоимость земельных участков должна учитываться при определении налоговой базы по земельному налогу начиная с 01.01.2016 (т.е. с начала налогового периода, в котором было подано заявление о пересмотре кадастровой стоимости), несмотря на то, что в рассматриваемой ситуации решение суда вступило в силу в 2017 году.

Обоснование вывода: 
Налоговая база по земельному налогу (далее - Налог) определяется как кадастровая стоимость земельных участков, признаваемых объектом налогообложения в соответствии со ст. 389 НК РФ (п. 1 ст. 390 НК РФ). Кадастровая стоимость земельного участка определяется в соответствии с земельным законодательством РФ (п. 2 ст. 390 НК РФ). 
В силу п. 2 ст. 66 Земельного кодекса РФ (далее - ЗК РФ) для установления кадастровой стоимости земельных участков проводится государственная кадастровая оценка земель, за исключением случаев, определенных п. 3 ст. 66 ЗК РФ. Государственная кадастровая оценка земель проводится в соответствии с законодательством РФ об оценочной деятельности. Вместе с тем на основании п. 3 ст. 66 ЗК РФ в случаях определения рыночной стоимости земельного участка кадастровая стоимость этого земельного участка устанавливается равной его рыночной стоимости. 
Из положений ст. 24.18 Федерального закона от 29.07.1998 N 135-ФЗ "Об оценочной деятельности в Российской Федерации" (далее - Закон N 135-ФЗ) следует, что результаты определения кадастровой стоимости могут быть оспорены юридическими лицами в случае, если данные результаты затрагивают права и обязанности этих лиц. На основании ст. 24.20 Закона N 135-ФЗ сведения о кадастровой стоимости используются для целей, предусмотренных законодательством РФ, с даты их внесения в Единый государственный реестр недвижимости (далее - ЕГРН), за исключением случаев, предусмотренных ст. 24.20 Закона N 135-ФЗ. При этом в случае изменения кадастровой стоимости по решению комиссии или суда в порядке, установленном ст. 24.18 Закона N 135-ФЗ, сведения о кадастровой стоимости, установленной решением комиссии или суда, применяются для целей, предусмотренных законодательством РФ, с 1 января календарного года, в котором подано соответствующее заявление о пересмотре кадастровой стоимости, но не ранее даты внесения в ЕГРН кадастровой стоимости, которая являлась предметом оспаривания. Сведения об изменении кадастровой стоимости на основании решения комиссии или суда, включая дату подачи соответствующего заявления о пересмотре кадастровой стоимости, подлежат внесению в ЕГРН в соответствии с Федеральным законом от 13.07.2015 N 218-ФЗ "О государственной регистрации недвижимости". Налоговые органы при администрировании земельного налога руководствуются информацией, содержащейся в ЕГРН (письма Минфина России от 19.05.2015 N 03-05-05-02/28656, от 18.05.2015 N 03-05-05-02/28362). 
Налоговая база определяется в отношении каждого земельного участка как его кадастровая стоимость по состоянию на 1 января года, являющегося налоговым периодом (абзац первый п. 1 ст. 391 НК РФ). 
Изменение кадастровой стоимости земельного участка в течение налогового периода не учитывается при определении налоговой базы в этом и предыдущих налоговых периодах, если иное не предусмотрено п. 1 ст. 391 НК РФ (абзац четвертый п. 1 ст. 391 НК РФ, определение КС РФ от 09.02.2017 N 212-О, п. 18 Обзора, направленного письмом ФНС России от 17.04.2017 N СА-4-7/7288@). Исключением являются случаи, когда имеет место исправление ошибок, допущенных при определении кадастровой стоимости земельного участка, а также когда его кадастровая стоимость была изменена по решению комиссии по рассмотрению споров о результатах определения кадастровой стоимости или решению суда. 
Изменение кадастровой стоимости земельного участка вследствие исправления ошибок, допущенных при определении его кадастровой стоимости, учитывается при определении налоговой базы начиная с налогового периода, в котором была применена ошибочно определенная кадастровая стоимость (абзац пятый п. 1 ст. 391 НК РФ). В случае изменения кадастровой стоимости земельного участка по решению комиссии по рассмотрению споров о результатах определения кадастровой стоимости или решению суда сведения о кадастровой стоимости, установленной решением указанной комиссии или решением суда, учитываются при определении налоговой базы начиная с налогового периода, в котором подано соответствующее заявление о пересмотре кадастровой стоимости, но не ранее даты внесения в ЕГРН кадастровой стоимости, которая являлась предметом оспаривания*(1) (абзац шестой п. 1 ст. 391 НК РФ, смотрите также письма Минфина России от 29.03.2017 N 03-05-05-02/18237, от 01.03.2017 N 03-05-05-02/11335, от 22.02.2017 N 03-05-05-02/10148, от 16.01.2015 N 03-05-05-02/633). 
В письме Минфина России от 13.10.2016 N 03-05-05-02/59791 разъяснено, что, если заявление о пересмотре кадастровой стоимости было подано в комиссию по рассмотрению споров о результатах определения кадастровой стоимости или в суд в 2016 году, измененная решением указанной комиссии (суда) кадастровая стоимость применяется для целей налогообложения с 01.01.2016. 
Следовательно, если комиссия или суд установит кадастровую стоимость в размере рыночной, налогоплательщик вправе пересчитать налог за периоды начиная с периода подачи заявления об оспаривании (смотрите также Информацию Управления ФНС по Челябинской области от 26.10.2016 "Земельный налог для физических лиц. Вопросы и ответы"). 
Также отметим, что в п. 28 постановления Пленума ВС РФ от 30.06.2015 N 28 указано, что установленная судом кадастровая стоимость используется для исчисления налоговой базы за налоговый период, в котором подано заявление о пересмотре кадастровой стоимости, и применяется до вступления в силу в порядке, определенном ст. 5 НК РФ, нормативного правового акта, утвердившего результаты очередной кадастровой оценки, при условии внесения сведений о новой кадастровой стоимости в государственный кадастр недвижимости (смотрите также постановление Девятнадцатого арбитражного апелляционного суда от 03.05.2017 N 19АП-1960/17). Исходя из этого, в письме Минфина России от 15.07.2016 N 03-04-06/41463 был сделан вывод о том, что в случае, если кадастровая стоимость земельного участка была изменена по решению комиссии по рассмотрению споров о результатах определения кадастровой стоимости на основании заявления, поданного в 2015 году, организация вправе применять измененную кадастровую стоимость земельного участка в целях исчисления Налога с 2015 года до вступления в силу нормативного правового акта, утвердившего результаты очередной кадастровой оценки. 
Налоговые органы, разъясняя норму абзаца шестого п. 1 ст. 391 НК РФ, сообщают, что если заявление о пересмотре кадастровой стоимости подано в 2015 году и решение суда об установлении рыночной стоимости в качестве кадастровой стоимости принято в 2015 году, то новая кадастровая стоимость должна применяться с 01.01.2015 (письма ФНС России от 14.04.2015 N БС-4-11/6355@, от 27.03.2015 N БС-4-11/5013@, от 26.03.2015 N БС-4-11/4935@, информационное сообщение МИ ФНС России N 2 по Республике Башкортостан от 30.05.2015). 
В отношении схожей нормы п. 15 ст. 378.2 НК РФ в письме ФНС России от 26.12.2016 N БС-4-21/25054 указано, что использование налоговыми органами сведений об оспоренной кадастровой стоимости (налоговой базе) не зависит от даты их внесения в государственный кадастр недвижимости. По нашему мнению, это логика применима и для рассматриваемого случая. 
Вместе с тем отметим, что в письме ФНС России от 19.09.2016 N БС-4-11/17527@ было указано, что кадастровая стоимость земельного участка, установленная решением комиссии в размере его рыночной стоимости, может быть учтена для целей налогообложения с даты решения комиссии после внесения такой стоимости в качестве новой кадастровой стоимости в государственный кадастр недвижимости. Хотя данное письмо и вышло в 2016 году, оно касается ситуации, возникшей в 2014 году (до внесения Федеральным законом от 04.10.2014 N 284-ФЗ в п. 1 ст. 391 НК РФ соответствующих изменений), поэтому полагаем, что его не следует распространять на вопросы исчисления земельного за периоды с 01.01.2015. 
В рассматриваемой ситуации заявление в суд о пересмотре (об уменьшении) кадастровой стоимости земельных участков было подано организацией 20.10.2016. При этом оспаривалась кадастровая стоимость земельного участка, внесенная в реестр по состоянию на 01.02.2015. 
Следовательно, установленная судом кадастровая стоимость земельного участка в данном случае должна учитываться при определении налоговой базы по Налогу начиная с 01.01.2016 (с начала налогового периода, в котором было подано заявление о пересмотре кадастровой стоимости), несмотря на то, что соответствующее решение принято судом в 2017 году. 
Аналогичный подход представлен в постановлении Второго арбитражного апелляционного суда от 29.05.2017 N 02АП-3046/17, в котором рассматривалась ситуация с представлением заявления о пересмотре кадастровой стоимости и принятием по нему решения комиссией в разных налоговых периодах.